从商业规模栽培的种类及其品种看，近年商业规模栽培的种类有双孢蘑菇、巴西蘑菇、大肥菇、美味蘑菇、香菇、糙皮侧耳、佛州侧耳、肺形侧耳、白黄侧耳、榆黄蘑、杏鲍菇、白阿魏菇、黑木耳、毛木耳、金针菇、滑菇、草菇、猴头、茶树菇、鸡腿菇、灰树花、银耳、灵芝、中华灵芝、薄盖灵芝、松杉灵芝、茯苓、天麻蜜环菌、斑玉蕈、长裙竹荪、短裙竹荪等。这些栽培种内都有丰富的品种多样性，供栽培者根据市场需要选择使用。这些多样化的栽培种和品种保证了中国在农业生产方式下食用菌的周年栽培和持续发展。

　　双孢蘑菇有鲜销品种和罐藏品种两大类。香菇可以按照适宜的基质有段木品种和代料品种；按照出菇的迟早有早生品种和迟生品种；按照产品适宜的商品型式有鲜销品种和干制品种；按照出菇温度有低温(5～15℃)品种、中温品种(10～15℃)、高温(15～25℃)品种和广温(10～28℃)品种；按照子实体大小有大叶品种、中叶品种和小叶品种。

　　平菇按照出菇温度有高温品种、中温品种和低温品种；按照子实体色泽有灰色品种和白色品种；按照孢子释放情况有少孢品种、孢子晚释品种、无孢品种。

　　黑木耳按照子实体着生方式的不同有单片品种和菊花品种；按照色泽有黑色品种和褐色品种。

　　毛木耳按照子实体色泽的不同有黄背木耳、白背木耳和紫木耳三大类品种。

　　金针菇按照子实体色泽有黄色品种、淡色品种和白色品种三大类。

　　滑菇按照子实体发生迟早有**早生品种、早生品种、中生品种和晚生品种。

　　草菇按照子实体大小有大粒、中粒和小粒三类品种。

　　杏鲍菇和白阿魏菇按照出菇温度有高温品种和低温品种；

　　杏鲍菇按照子实体形态有柱状品种和保龄球状品种；

　　白阿魏菇按照子实体形态有掌状品种和马蹄状品种。