食用菌的菌种系指经人工培养并进行扩大繁殖和用于生产的菌丝体。菌种的优劣主要取决于菌株原有的种性及制种技术水平的高低。

　　一、工艺流程

　　培养料的贮备和预处理-------容器、工具的洗涤------配料、培养基制作------灭菌------冷却------接种------培养-------贮存

　　二、纯种分离

　　菌种的分离方法主要有：孢子分离法、组织分离法、基内菌丝分离法和土中菌丝分离法。

　　1．孢子分离法：属有性繁殖。对于香菇、平菇异宗结合的菇类，为避免产生单孢不孕现象，必须采用多孢分离法。单孢分离法主要用于杂交育种的研究。

　　（1）种菇的选择和处理

　　种菇选择的标准：必须纯正，具有本菌株性状，发育健壮，无病虫害，成熟度适当。种菇选定后，首先除去附着在菇体表面的杂物，如蘑菇、草菇可用0.1%升汞浸泡消毒2-3分钟，然后用无菌水漂洗3次，以洗除表面附着的药物，**用无菌纱布吸干水分。香菇、平菇可用75%酒精进行表面消毒。

　　（2）．多孢分离法

　　①整菇播种法②钩悬法③贴附法4菌褶上抹取孢子法⑤孢子印分离法⑥空中孢子捕捉法

　　（3）．单孢子分离法

　　一般采用方法：平板稀释法、连续稀释法、毛细管法等。

　　2．组织分离法

　　（1）子实体分离法（2）菌核分离法（3）菌索分离法：对一些不易找到子实体及菌核的菌类

　　3．基内菌丝分离法

　　对于子实体只有在特定的季节下出现，平时不易采到，或子实体小而薄或呈胶质状态

　　（1）菇木（或耳木）分离法：在食用菌繁殖旺盛期从菇木中分离菌丝体。

　　（2）代料基质分离法：分离前，选择一批子实体发生早、产量高、菇体尚幼嫩且生活力强而无病虫害的栽培袋，待子实体将近成熟时，去掉子实体，然后用75%酒精将培养袋进行消毒后，在培养料下1.5cm处挑取0.3cm的培养料小方块组织，接入试管培养基的中央，置于恒温下培养。

　　（3）土中菌丝分离法：用于采集生长在土中的菇类菌丝体

　　三、保藏及复壮

　　1．菌种保藏方法

　　菌种保藏的基本手段是采用低温、冷冻、干燥、减少供氧量等方法，终止其繁殖，降低其代谢强度，使之处于休眠状态。

　　（1）．斜面低温保藏法：保藏时间不长。

　　（2）液体石蜡保藏法：保藏期限可达3-5年。

　　（3）．滤纸保藏法：保藏期限可达2-5年。

　　（4）真空冷冻干燥保藏法：保存时间可达数年（5）液态氮超低温保藏法：国际流行的新技术。

　　2．菌种复壮技术

　　提纯复壮。主要有组织分离法及菌丝体复壮的方法。

　　四、菌种繁育

　　菌种的生产仍是采用三级制种方法.即母种，原种，生产种.要想生产出合格的菌种，必须先培育出母种，而后由母种制成原种，由原种制成生产种.而后用生产种转接成栽培袋，再进行出菇管理.

　　1,母种：又叫一级种，用直径18-22cm的试管制备。常用配方：去皮马铃薯200克，葡萄糖20克，琼脂10-20克，水1000毫升，先把土豆去皮称重，切成小块煮至熟而不烂，过滤加水至1000毫升，再把琼脂剪成小段，放入锅内，边搅边煮，待琼脂溶化后加入葡萄糖，由于琼脂质量各有不同加入份量要看情况而定，装管前取一小勺浮在凉水中冷却观察其硬度适合然后分袋试管，用棉花塞塞住试管口，放入小高压锅内灭菌，当压力表达到1.5个压力时，再灭菌30分钟，取出试管放成斜面，放置2-3天后，无杂菌感染再放入接种箱内接种，接了种的试管放入培养室内进行培养，温度要求25℃左右，相对湿度75%以下。

　　2,原种：二级种，一般采用原种瓶和罐头瓶.培养料不要装的太满，装至瓶肩.原种的制备多采用谷粒种，锯沫种和棉子壳种。

　　①谷料种：用玉米、小麦为原料，精选后煮沸，使种子变软即成，不要煮的太熟，开花.熟后离火泡5分钟（不开盖而能吸足水份）而后装瓶，用小型或中型高压锅灭菌，放至温度25℃左右接入母种，放培养室内培养.一般25-30天即成。

　　②木屑种：木屑78%、麦麸20%、石膏1%、糖1%、料：水=1:1.3，拌匀装瓶，灭菌，接种培养。一般25-30天即成。

　　③棉子皮：因棉子皮各种营养丰富，一般不需要加其它物质，只加1%的糖和石膏，用料1.3-1.5倍的水拌匀即可，而后装瓶，灭菌，接种，培养即可。

　　推荐通用配方：木屑（或秸秆粉或棉籽壳）80斤，糠麸6斤，糖0.5斤，菇耳壮1.6两，石膏1斤

　　3,生产种：可用木屑，玉米，棉籽皮，菌草，麦秸等为原料，根据所栽培的品种，采用不同的配方，用聚乙烯或聚丙烯，直径15-28cm塑料袋装料，然后用常压灭菌锅灭菌，达到100℃后，再维持100℃8-10小时.待袋稍凉后出锅，使栽培袋温度降至25℃左右再用原种接种，而后放到培养室的培养架上培养。